(del griego ὄντος, ente, y génesis: origen del ente)
Término biológico que designa el proceso de formación de cada uno de los seres vivos, a diferencia de la filogénesis, que se refiere al desarrollo o evolución de la especie. Es, pues, el conjunto de transformaciones que afectan a un organismo animal o vegetal desde su fecundación hasta que alcanza el estado de madurez que le permite reproducirse nuevamente.
En general, se distinguen tres fases:
1) la ovogénesis y la espermatogénesis;
2) la fecundación y
3) la maduración reproductora.
En la primera, se forman las células germinales; en la segunda, se forma una única célula que, a través de sucesivas divisiones (embriogénesis), dará lugar al individuo completo a través del proceso de la morfogénesis, o generación de la «forma», de los distintos tejidos y órganos corporales. Finalmente, la tercera etapa se caracteriza por los procesos que conducen a la madurez sexual o reproductora del individuo, que en algunas especies implica el paso por fases de metamorfosis. La tesis fundamental de la ontogénesis que formuló Haeckel (Morfología general de los organismos, 1866) es conocida como ley biogenética, según la cual la ontogénesis (entendida como el desarrollo embriológico de cada individuo) recapitula rápida y brevemente la filogénesis (la evolución de la especie).