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(del griego φῦλον, phylon, raza, y γένεσις génesis, nacimiento)

Término introducido por Haeckel (1834-1919) para designar la historia evolutiva de una especie, género o raza y, en general, el proceso de la evolución ascendente de las especies, a diferencia de la ontogénesis que es el proceso de desarrollo de un organismo. Haeckel dio una especial relevancia al estudio embriológico para establecer las líneas evolutivas filogenéticas y, en sus obras principales (Morfología general de los organismo, 1866, y Los enigmas del mundo, 1899), puso de manifiesto la importancia de esta última al enunciar la ley que lleva su nombre o ley biogenética: la ontogénesis reproduce la filogénesis, es decir, que las fases del desarrollo embrionario de un organismo determinado recuerdan los estadios evolutivos por los que ha pasado la especie a la que pertenece, como si la ontogénesis fuese una recapitulación breve y rápida de la filogénesis. Además de los datos de la embriología, la filogénesis se apoya en la paleontología y la anatomía comparada.