-La ciencia a partir de principios y causas, clasificación de las ciencias, una ciencia universal (libros I, II, III y VI).
-La historia de la filosofía anterior (libro I).
-La ciencia del ente, en general, y de los diversos sentidos del ser (libros IV, VI y VII).
-Los axiomas fundamentales de la ciencia: principios de identidad y contradicción (libro IV).
-La verdad y la falsedad (libro IX).
-La sustancia y sus clases (libros VII, VIII y XII).
-El cambio y la naturaleza (libro IX).
-El motor inmóvil acto puro (libro XII).
-Unidad, alteridad, diferencia y contrariedad (libro X).
-La crítica a la teoría de las ideas de Platón (libros XIII y XIV).
-Términos (libro V).
-Recapitulación (libro XI, probablemente apócrifo).
En ediciones académicas estos libros suelen citarse con letras griegas, según la siguiente equivalencia:
