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Los títulos de sus principales escritos son:
Primeros principios, 1862.
Principios de biología, 2 vols., 1864-67.
Principios de psicología, 2 vols., 1870-72.
Principios de sociología, 3 vols., 1876-96.
Principios de ética, 5 vols., 1879-92.
(El conjunto de estas obras forma el cuerpo de su Sistema de filosofía sintética);
La educación moral y física, 1861.
El individuo contra el Estado, 1884.
Autobiografía, 1904 (póstuma).