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Hypotiposis, interpretaciones alegóricas de las Escrituras.
Protréptico a los griegos, crítica al paganismo y defensa del cristianismo.
Stromata, escrito en ocho libros, es su obra más importante, cuyo título se ha traducido a veces como «tapiz o miscelánea de comentarios gnósticos sobre la verdadera filosofía», en el que se ocupa, sobre todo, de la gnosis cristiana, argumenta contra los heréticos, elabora su doctrina del logos y efectúa estudios de la ciencia de su época.
Pedagogo.
Homilía.
Y diversos fragmentos de otras obras perdidas.